Inauguré le 19 juillet 1940, le musée est situé en plein centre-ville, à quelques rues de la pittoresque Médina, classée patrimoine mondial de l'humanité en 1997. Les collections du musée sont liées à celles des recherches archéologiques de la région. La majorité des vestiges et objets exposés proviennent de fouilles entreprises dans le nord du Maroc à partir des années 1930.
Le Musée abrite des objets archéologiques préhistoriques, antiques et islamiques provenant de plusieurs sites et monuments du Nord, notamment Kaf Taht L'ghar, M'zora, Lixus, Tamuda et Ksar Es Sghir. Les collections sont composées d'outils lithiques, de restes humains de la préhistoire, d'éléments architecturaux, de céramiques, de mosaïques, de pièces de monnaies et de statuettes en bronze.
Le jardin de style andalou abrite cinq mosaïques du IIe siècle ap. J.-C. découvertes à Lixus, une collection de stèles funéraires islamiques provenant du cimetière de Tétouan (XVIe et XVIIe siècles) et un ensemble d'amphores romaines. Le vestibule d'entrée est agrémenté de deux magnifiques mosaïques romaines de Lixus représentant les trois grâces et le cortège de Bacchus enfant. Le musée dispose d'un espace réservé à la ville de Tétouan et sa région, d'une salle composée de plusieurs mosaïques et de la salle « Tamuda » à l'étage.
